Boekenonderzoek van de Belastingdienst: wat moet je doen?

Krijg je een brief of een telefoontje van de Belastingdienst over een boekenonderzoek, dan wil een controleur je administratie zien. Een controle hoort bij ondernemen. Dit stappenplan laat zien wat je in jortt doet, van de aankondiging tot het rapport.

Wat is een boekenonderzoek?

Een boekenonderzoek is een controle van je administratie door de Belastingdienst. Je hoort ook boekencontrole of belastingcontrole. De controleur toetst of je aangifte klopt met wat er echt is gebeurd, bijvoorbeeld voor de btw, de inkomstenbelasting of de vennootschapsbelasting. Zijn vertrekpunt is dat je aangifte klopt, en hij gaat uit van je goede trouw. Dat staat in het Handboek Controle van de Belastingdienst, in de versie van 1 januari 2026.

Btw-controle of boekenonderzoek?

Vraagt de Belastingdienst alleen naar de btw die je in één periode hebt teruggevraagd, met een specificatie van de voorbelasting en de tien hoogste facturen? Dan is het een btw-controle. Hoe je die specificatie uit jortt haalt, lees je bij btw-controle van de Belastingdienst. Wil de controleur je hele administratie over een of meer jaren zien, dan is het een boekenonderzoek en volg je deze pagina.

Wat staat er in de aankondiging?

De controleur kondigt het onderzoek telefonisch aan en bevestigt het daarna per brief. In de brief staat:

1. wat voor onderzoek het is, en over welke belasting en welke jaren het gaat;
2. wanneer de controle begint;
3. als dat kan, hoeveel dagen de controle duurt;
4. welke controleurs komen;
5. welke gegevens je bij het begin klaar moet hebben.

De controle vindt meestal plaats op het adres van je bedrijf, tenzij dat redelijkerwijs niet kan.

Wat wil de controleur zien?

De controleur wil weten hoe je bedrijf werkt en hoe je administratie tot stand komt. Hij kijkt naar vier dingen:

1. Je bedrijf: wat je doet en hoe je werkt.
2. Je administratie: hoe je boekt en wie er iets kan wijzigen.
3. De volledigheid: staan alle omzet en alle bankmutaties erin.
4. De juistheid: kloppen de facturen, bonnen, btw en de posten in je aangifte.

Stappenplan: zo pak je een boekenonderzoek aan

Je doorloopt acht stappen, verdeeld over drie fases.

Voor de controle

1. Lees de aankondiging. Kijk over welke belasting en welke jaren het gaat, welke gegevens de controleur wil zien en wanneer.
2. Laat de Boekhoudbot controleren. Klik in het hoofdmenu op Boekhoudbot en kies Controleer mijn boekhouding voor de btw-aangifte, of voor de aangifte inkomstenbelasting (bij een bv: vennootschapsbelasting). Kies de periode of het jaar. Een rood uitroepteken pas je aan. Een geel of oranje vraagteken kan fout zijn. Welke punten hij naloopt, staat bij controle boekhouding.
3. Bespreek twijfels over een eerder jaar. Zie je iets in een jaar waarover je al aangifte deed, pas het dan niet stilletjes aan. Bespreek het eerst met je boekhoudcoach of adviseur. Elke wijziging staat in de audit trail.
4. Maak de auditfile. Klik in het hoofdmenu op Boekhoudbot en kies Maak voor mij een auditfile. Maak er een per gevraagd jaar. Dat kan alleen de Beheerder van de administratie, of een gekoppeld administratiekantoor. Hoe dat werkt, lees je bij auditfile (XAF).
5. Zet het controledocument klaar. Download het controledocument voor de Belastingdienst en stuur het mee met de auditfile. Dan weet de controleur meteen hoe jortt werkt: waar hij wat vindt, hoe de Boekhoudbot boekt en welke rollen er zijn.

Tijdens de controle

6. Geef meekijktoegang als de controleur dat wil. Dat hoeft niet, want vaak zijn de auditfile en het controledocument genoeg. Wil hij toch meekijken, nodig hem dan uit met de rol Meekijker uit rollen en rechten. Hij kijkt dan mee zonder iets te kunnen wijzigen. Een Meekijker telt als gebruiker: met jortt ZZP heb je er 2, met jortt MKB 5 en met jortt Plus onbeperkt. Na de controle trek je de toegang weer in.
7. Houd bonnen en facturen bij de hand. Die zitten niet in de auditfile. Je vindt ze per boeking in jortt, of je exporteert ze met de Dropbox-koppeling.

Na de controle

8. Bespreek de uitkomst. De controleur bespreekt zijn bevindingen met je in een slotgesprek. Uiterlijk twee maanden daarna krijg je een afschrift van het controlerapport, met het standpunt van de Belastingdienst.

Waar vind je wat in jortt?

Wat mag de controleur wel en niet?

De controleur werkt volgens vaste spelregels uit het Handboek Controle. Hij neemt geen originele boeken of stukken mee zonder jouw uitdrukkelijke toestemming. Hij stelt geen vragen aan je personeel zonder jouw toestemming, behalve over hun eigen belastingen. Hij gaat zorgvuldig en discreet met je gegevens om en heeft een wettelijke geheimhoudingsplicht. En hij werkt open, zodat je weet wat je kunt verwachten.

Wil je zelf lezen hoe een controleur te werk gaat en aan welke regels hij zich moet houden? Dat staat in het Handboek Controle van de Belastingdienst, de versie van 1 januari 2026 (pdf, 2,1 MB).

Hoe lang duurt een boekenonderzoek?

Dat verschilt per onderzoek. De controleur werkt met een opdracht waarin een geplande tijd en een maximale doorlooptijd staan. Vraag bij de aankondiging hoe lang hij verwacht bezig te zijn. Na het slotgesprek krijg je het controlerapport uiterlijk binnen twee maanden.

Hulp nodig?

Heb je een vraag over jortt, stel hem dan aan Femke op de contactpagina, dag en nacht. Komt Femke er niet uit, dan helpt het supportteam je op werkdagen van 9.00 tot 17.00 uur, ook via support@jortt.nl. Voor fiscale vragen of begeleiding bij de controle schakel je een boekhoudcoach in.

Al gestopt met jortt?

Dan kun je nog bij je administratie. Jortt bewaart je gegevens na het einde van je abonnement nog 7 jaar. Heb je gedowngraded naar jortt Starter, dan regelt de supportdesk toegang voor de controle. Hoe lang je zelf je administratie moet bewaren en hoe je alles meeneemt, lees je bij weggaan bij jortt.